1. Описании библиотек CAA есть в справке Codesys, правда, только на английском языке.
3. Файлы можно хранить в энергонезависимой памяти контроллера, но ее объем всего 4 Кб. По поводу USB/Flash все подробно написано в руководстве по эксплуатации.
5. Если я не ошибаюсь, то где-то на форуме писали, что можно.