в общем, такое впечатление, что первых два байта не принимаются корректно.
Они принимаются как один испорченный байт.

Откуда такой вывод?
вот ответ, только что принятый ПЛК: 44 04 00 00 EB AF F5 08

Если 44 заменить на 01 04, получим:
01 04 04 00 00 EB AF F5 08 ---- здесь корректный ответ, контрольная сумма сходится, и сами данные - 00 00 EB AF -- корректны

Как бы ПЛК не успевает переключиться после передачи на прием, или что-то в этом роде, не могу понять