Ну, защититься программно никто не запрещал.
Про это не раз говорили на форуме.
Первое, что в голову пришло - простейший счетчик организовать.
И, например, нажимать после загрузки программы в ПЛК 10 раз кнопку "альт" на плк.
Результат счета записать в переменную ретайн.
Если значение переменной= 10, то начать работу.