Действительно на более ранних контроллерах порты аналогового ввода были гальванически связаны с портом Debug232. И в условиях помех при подключении через Debug данные с аналоговых входов могли искажаться.
Сейчас мы эту проблему решили - введена гальваническая развязка между аналоговыми входами и портом DBGU (верхний COM порт). Сейчас все контроллеры, выпускаемые нами такую развязку имеют.