При связи по TCP/IP из под wine проблема в том, что CODESYS пытается перед подключением пинговать ПЛК. Для выполнения этой операции (посылка ICMP-пакета) программа должна быть запущена с повышенными привелегиями. Чтобы не наделять ее полными привелегиями рута, можно ей явно разрешить raw доступ к сети. Это делается с помощью механизма capabilities, а именно нужна cap_net_raw.
Для себя я написал небольшую программку для запуска CODESYS c cap_net_raw, а утилитам wine & wine-preloader разрешил наследовать cap_net_raw от родительского процесса и передавать ее дочернему процессу.
В Debian Jessie делается это следующими командами: