Помеха действительно есть и довольно мощная. Пробовали её задавить фильтрами. Наиболее эффективным оказался RC-фильтр. Помеху задавил почти полностью. НО... радость наша была преждевременной - на больших мощностях (более 50%) опять начались колебания выходного напряжения, а мощность на выходе не стала расти.
По второму варианту - чехол у термопары керамический, так что "землить" не может, да и показания термометра стабильны по всему диапазону измерений.