Вопрос решен самым банальным образом.
Уточню, что мне нет необходимости замерять расход литров в час/минуту и пр. Достаточно понимать какой расход в сутки и сохранять показания счетчика.

Каждые 50мс идет опрос состояния контактов счетчика и по фронту генерируем сигнал, который подаем на счетчик. 1 еденица равна 10 литрам. Можно конечно ввести временные метки и замерять л/мин или л/час, но мне это не нужно.