Соответственно алгоритм получается такой:

Измеряем количество импульсов с энкодеров 1 и 2, скажем, за 1 сек, сравниваем, по результату выдаём сигнал на увеличение или уменьшение скорости.

Правда требуется отслеживать саму работу ведущего ручья, иначе, если остановить ведущий ручей, то и ведомый постепенно остановится.