Может такое быть, что в основной программе происходит запись глобальных переменных, которые так же переписываются в программе-прерывании? Я недавно делал проект именно на таком ПЛК, использовал прерывание 20мкс. Все работает отлично. Запись переменных производилась или только в основной программе, или только в программе-прерывании. В программе-прерывании использовал исключительно глобальные переменные.