+1 в копилку глюков со связью. В общем да, предположения подтвердились. И правильность действий при загрузке проекта указал Валенок. Несоблюдение этих последовательностей может привести к тому, что после завершения загрузки и пуска контроллера, контроллер перестанет общаться с периферией, хотя ошибок связи не выдаст. Так что аккуратнее. И не забывайте про кнопку резет). Думаю, тему можно считать закрытой.