Пришлите отчет об ошибках и скриншот тренда на котором будет видно пропадание данных.
Если скаду не выключать, то все данные должны в итоге попасть в архив. Если переполнится очередь записи, то данные будут прореживаться, но они не пропадут совсем.

Для того чтобы сформировать отчет об ошибках:
В Режиме Разработки (DT):
"Проект"-> "Отчет об Ошибках"
Поставьте галочку "Включая конфигурацию текущего проекта".