Ничего не понял. Что вы собрались усреднять? Вам, прежде чем работать с значением, предстоит его прочитать из энкодера в уже "оцифрованном" виде. В случае выбранной вами модели энкодера - по высокоскоростному последовательному интерфейсу (SSI).
Вот я и спросил, как вы одними лишь программными средствами собираетесь общаться с SSI - то есть генерировать пакет тактовых импульсов с частотой в сотню килогерц и считывать биты, поступающие с линии связи с той же скоростью? Без "железяки", которая все это проделает и предоставит вам готовенькое значение в своем регистре, не обойтись. Либо ищите энкодер с параллельным интерфейсом...