Попробуйте CoDeSys 2.3.9.32 поставить, там вроде этот баг почти устранен. Если не спасет ковыряте в сторону увеличения таймаута.
До этого я еще использовал такой метод (когда проекты очень большие): При подключении отказываемся от заливки проекта, и создаем сразу загрузочный проект, потом кнопка Reset контроллера.
Ответить с цитированием