3. Хотфикс тут ни при чем. Это какие-то особенности WinSCP, проявившиеся при первом редактировании файла. Я тоже с ними сталкивался.
Да, опыт подтвердил Ваши слова.
А именно. Сразу после отката файл можно было менять. Потом перезагрузил панель, переподключился к панели через WinSCP и файл уже не доступен для изменения.