Так а зачем вам "железные" входа эмулировать?
Вот модбас - да, это было бы неплохо.
Как я понял, через PLCWinNT в принципе можно сделать и работу по модбас - но только через библиотеки, а если в проекте сделано через конфигурацию - то не получится.

А какие "важные штуки" не работают?