Я посмотрел ваш проект.
На мой взгляд, единственный вариант - добавить на каждый станок свою отдельную тревогу.
У вас сейчас одна тревога на все станки и требуется квитирование. Значение LATCH-переменной фиксируется при перехода в состояние тревоги ACTIVE.
А для перехода в него нужно, чтобы тревога была предварительно сквитирована. Т.е. все работает именно так, как задумано разработчиками CODESYS - просто вам требуется иное поведение.