Может, стоит назначить им регистры PSW где то в районе 4000 - 4100? будет ли это влиять на работу панели ?
Именно так и следует сделать. Если нужно, чтобы введенная строка сохранялась после перезагрузки панели - то используйте область PFW.
На работу панели это никакого негативного влияния не окажет.

Написали на нем конфигурацию, панель ее приняла, но не работает - даже с экрана на экран не переходит. Не может такого быть из за несовместимости версий ПО панели и конфигуратора ?
В вашем проекте настроен обмен с другими устройствами?
Когда вы загружали проект в панель - эти устройства были подключены к панели?