Не вытерплю, выскажусь.
ИМХО

Можно работать и с DWORD. Распаковывая по 32 бита.
Можно и с отдельными битами. Со всеми 639 сразу.
Можно, но не нужно.

Во первых, будет очень не удобно просматривать на мониторе иерархию. Разве что там монитор метр на два.
При связывании сигналов надо будет постоянно скролить. Очень неудобно и отнимает кучу времени.
Проект становится трудно читабельным.

Во вторых, лично мне, удобнее когда адресация регистров идет по порядку, а не через один. Спасает от ошибок.И при наладке проще.

В третьих, обычно регистры привязываю к оборудованию. К примеру есть установка № 1 с 26 дискретными сигналами. И установка № 2 с 12 дискретными сигналами. Соответственно для установки № 1 - 2 регистра. Для установки № 2 - 1 регистр.
Соответственно в скада два объекта с названием "Установка №1" и "Установка №2". Куда соответствующие регистры и распаковываются.

Отсюда и вывод, работа с переменными WORD оптимальна.

И вопрос к OverGrow , почему выбор пал на MasterScada4D?