Мистика...
Но похоже, что речь все же пока о руках и "первом ПЛК", нежели о ПЛК. Не отчаивайтесь, вместе мы все поборем
1. Выкладывайте проект.
2. Вы пробовали из Конфигурации ПЛК напрямую выходами поуправлять, просто нажимая квадратик соответствующего выхода, когда ПЛК на связи с CoDeSys?
3. Лог гипертерминала: отключаемся от CoDeSys. Запускаем терминал. Выбираем порт, настройки меняем только скорость на 115200 и управление на нет. Все. Жмем Резет на ПЛК. Данные из окна терминала копированием сохраняем в файл (обязательно). Файл выкладываем на форуме.
4. Не забываете запустить программу? Как Вы понимали, что на старт реагирует? Как реагирует?
5. Изменение входа программно НЕВОЗМОЖНО при подключенном ПЛК.
6. Не стоит ли режим эмуляции?