Если поменялись местами значения, при перестановке термопар, значит дело уже не в погрешности, а в месте размещения термопар. По хорошему, для сравнения показаний, 2 термопары должны быть прикручены на одну медную пластину, помещённую в место измерения. Думаю ваша погрешность не превысит и 3 градусов вместо 20.
Кроме того всё должно быть поверено и термопары особенно, иначе все измерения лажа.