Посмотрел проект. Во-первых, как я уже упоминал, в режиме эмуляции история работать не будет.

Во-вторых, вы используете SP9 Patch1, но при этом у вас выбран профиль визуализации для SP4 и такая же версия компилятора. Очевидно, проблемы с историей возникают из-за этого. После обновления до последних версий история тревог заработала и на виртуальном контроллере, и на СПК. Так что бага здесь нет.

Уточню, что компания ОВЕН настоятельно рекомендует использовать для программирования СПК с текущими заводскими прошивками CODESYS версии 3.5 SP5 Patch5 и не гарантирует корректной работы контроллеров при использовании более новой версии среды программирования.