Ничего не поделаешь, спорт есть спорт.
Но есть один нюанс: в большинстве случаев, импульсы имеют длительность более этих самых 2-5мкс.
Сам счётчик времени никуда не портится. PRU по-прежнему трезво понимает сколько времени прошло с прошлого импульса.
Скажем, на частоте 100кГц выход должен менять состояние раз в 5мкс, что вполне будет получаться, ведь вычисления будут укладываться в 1-2мкс (в момент подхода к 100кГц). Да и само вычисление вызывается не на каждом цикле PRU, а только тогда, когда импульс закончился, и нужно узнать длительность следующего.