Так и должно быть. Безопасные состояния выходов контролируются доп. процессором, к-й быстро грузится и их выставляет.
Команды ему идут в проекте, к-й Вы и загрузили. Сброс, заводской сброс, ядерная бомбардировка - пока нет другого проекта - отрабатываются заданные безопасные состояния.
P.s. Перезагрузка wathdog-ом крайне нежелательна, т.к. синхронизация retain и последнего блока для FLASH всегда происходит при сбросе питания! Данные всегда будут теряться! Сбрасывайте физическим самовыключением!