Можно просто убить процесс при помощи bat файла. Код примерно следующий:
taskkill /t /f /im modbusopcserver.exe
Подробнее про taskkill вы можете найти в интернете.

Можно настроить чтобы этот bat выполнялся перед завершением работы Windows. Для этого нужно вызвать настройку групповых политик (команда gpedit.msc), в разделе "Конфигурации Windows" есть раздел "Сценарии", где можно настроить запуск bat файла.