2 окно всегда будет появляться, если плк перезагружается с кабелем для прошивки или в него заливается проект с воткнутым кабелем для прошивки. только по перемычке в кабеле плк может понят чего от него хотят. устраните перемычку и будет счастье.
про первое окно - всё зависит от того, что происходит с плк. какой проект, не выходите ли вы за лиц. ограничение, нет ли рассинхронизации между таргетом и прошивкой.
а потеря связи с панелью, если плк продолжает работать и через нек-е время связь восстанавливается без перезагрузки плк - проверьте кабель и разъём на контакт.