Как я понял, Вам нужно обнулять значение счётчика в заданный момент, а не каждый оборот - тогда не подключайте выход z энкодера к плк. Вместо этого, заведите на 3 вход нужный Вам сигнал - от другого датчика.
Возможно, проще будет организовать в программе переменную большого размера,которая будет сохранять значение счётчика (из области ввода-вывода) независимо от аппаратного сброса. Сбрасывайте её когда захотите.