Если я правильно понял, отличие Linux от Windows в данном случае заключается в том, что:
1. JRE берется из дистрибутива системы.
2. Из проекта savefile/lib потребуется файл jamod.jar.
3. В моем случае выполнять надо будет файл serialmast.mls. Почему, кстати, такое странное расширение?
4. В этом файле надо будет изменить "COM12" на "/dev/ttyUSB0".
5. Отрубить всякую визуализацию.

Больше подводных камней не будет?