Здравствуйте!
Судя по Вашему описанию проблемы, причина скорее всего - в некорректных коэффициентах ПИД-регулятора... Автонастройка, как правило решает большинство задач, но, к сожалению, не всегда! Попробуйте просчитать коэффициенты сами, в ручную. Метод достаточно прост и понятен, приведен в конце руководства по эксплуатации к прибору. Чем точнее посчитаете, тем качественней получите регулирование.
Ещё такой вопрос, при проведении автонастройки, Вы уставку для автонастройки уставили заводской или установили приближенную к реальному эксплуатационному значению?