Где у вас используется хранение переменных? В контроллере или в скаде?
Если в контроллере, то тогда устанавливать "Восстановление при рестарте" не нужно.
Установите у команд с обратной связью галочку "Не передавать данные обратной связи" на закладке "Опрос".
Возможно у вас также сбросились переменные в самом контроллере. У ПЛК110 такое бывает если изменить какие либо настройки в PLC Configuration.