На такое поведение никогда не жаловались.
У вас переменные просто вводятся в поля MasterSCADA и передаются через ОРС в контроллер? Обратная связь не используется?
У переменных установлена галочка "Восстановление при рестарте"?
Какая у вас версия MasterSCADA?