Это два разных вопроса:
1. Если Вы залогинились с новым, но загрузку не сделали, то после перезагрузки ПЛК перейдет к программе, которая у него есть на Flash. Это логично.
2. По поводу незаписи: попробуйте снять перемычку на верхней плате (указывается в инструкции для перепрошивки). Проверьте целостность кабеля.