То есть вы хотите управлять MasterSCADA при помощи SMS? Да это возможно.
ФБ "Прием СМС" работает очень просто. На закладке "Настройки" указываете номер COM порта на котором висит модем. Подойдут в том числе и USB модемы (они эмулируют COM-порт).
В момент приема SMS на выходах данного ФБ появятся значения - текст сообщения и отправитель. Эти значения вы уже можете обработать и выполнить нужные действия.