Скорее всего у вас не подобраны оптимальные значения коэффициентов ПИД-регулятора и проветьте еще соответствует ли параметр "полное время хода задвижки" в папке БУИМ реальному времени хода вашей задвижки.Если на клапане есть датчик положения,то для большей точности регулирования постройте систему , используя его.