Это две разные вещи.
Ссылка - это как раз программа для перепрошивки. Прошивка 2.14 (как уже писалась) появилась благодаря компании Atmel, которая свою Flash как то хитро переделала, и загрузочный сегмент перестал быть защищенным. (писал об этом раньше). Так что возможно у Вас повредилась загрузочная область. Программа по ссылке должна помочь. Если не помогает - прибор придется доставить к нам.

Прежде чем делать выводы - надо получить лог гипертерминала.
Контроллер при перезагрузке выдает все диагностические данные в порт программирования. Гипертерминал их поймает, отобразит и позволит сохранить. Вот их я и хочу увидеть, прежде чем ставить окончательный диагноз.