Не надо пытаться обмануть контроллер - учитесь с ним дружить. ГОСТ он и есть ГОСТ.
Пример программы.
Область определения:
in1 : Bool; Переменная, привязанная к физическому входу.
in_myprog1 : bool; Переменная, получаемая от ПК программой в контроллере (протокол не обговариваем)

Программа:
if in1 = true then
Делаем что надо
end_if;

if in_myprog1 = true then
Делаем еще что то
end_if;