Таймер TON это функциональный блок.Экземпляр функционального блока есть программа. Чтобы программа выполнила какие либо действия, её нужно вызывать на исполнение, что и сделано во втором варианте.
В первом варианте таймер вызывается только по условиям. Чтобы отслеживать изменение выходных переменных таймера, его надо вызывать в каждом цикле. В первом варианте достаточно в конце дописать операторы:
TON_K();TON_Pipe();