Я бы не сказал, что CoDeSys превращает контроллер в закрытую коробочку. Он дополняет ОС, но не закрывает ее. Запустить свое доп. приложение можно. Интерфейс с API ОС через системные и CAA библиотеки имеется. Драйвера к CoDeSys мне писать не нужно. Они нужны для ОС, самые обычные. Например, в CoDeSys есть работа с файлами для встроенного диска. Я подключаю внешний диск на USB, настраиваю его поддержку в Линуксе. Все. Далее могу его использовать из CoDeSys сам, не напрягая специалистов Овен.