Здравствуйте.
Равняться у Вас nCall=Counter не смогут, так как что бы пройти шаг "Wait" (в POU_Sample) как минимум необходимо два раза вызвать программу "POU_Sample". Первый раз программа решит, что можно идти дальше, а второй раз пойдет дальше и быстрее ни как в SFC :-) А в это время переменная POU_Sample.Ok:=True, а также Start:=True!!! Таким образом программа PLC_PRG успевает пару раз про суммировать переменную "nCall". К тому же во время переходов подпрограмма POU_Sample не вызывается.
P. S. Так писать программы нельзя, надо что-то менять радикально.