Думал причина в одном - продублировали имена переменных.
Оказалось все банальнее.
Что рекомендую сделать - поставьте галку - эмуляция и с помощью изменения переменной и Ctrl+F7...
Вы не воспользовались советом, и не привязали в конфигурации ПЛК переменные к соответствующим входам и выходам...
Создайте новый проект. Прежде чем писать программу сразу перейдите в Конфигуратор ПЛК. и напротив каждой из строк впишите имя переменной (вписывать имя можно после двойного щелчка мышью по AT).
Ну и так как Вы первый раз с ПЛК НАСТОЯТЕЛЬНО рекомендую PLC Configuration Owen. pdf на диске с ПЛК прочитать.