Проблема не воспроизводима.
Добиться такого поведения не удалось. У меня стоит неск. ПЛК и самопроизвольной остановки не наблюдалось.
Причинами остановки могут быть:
1. Кнопка
2. Команда из CoDeSyS
3. Сброс контроллера по Watchdog-у - это стандартное поведение CoDeSys, код ошибки (срабатывание WatchDog) попадает в лог-файл.

P.S. Кнопку Пуск/Стоп можно отключить, переопределив ее в конфигурации как обычный дискретный вход.