Из своего опыта
Бывает подвиснет при прошивке, и потом требует перезагрузить проект. Все настройки рухнули.

Подскажите как правильно сохранять, прошивать и восстанавливать данные.

Некоторые проекты (видимо есть зависимость от пользовательского алгоритма) плохо отрабатывают online changes. При загрузке лучше использовать "Load all". Перед загрузкой лучше всего остановить программу, если не возможно - остановить опрос по интерфейсам.

Насчет вычисления адресов и синхронизации с панелью... Возможно нам удастся создать утилиту вычисления адресов регистров. Синхронизировать переменные в конфигураторе панели и ПЛК вообще невозможно.