Добрый день.

1) Существует ли возможность использования двух разных структур для функционального блока MB_RTU_SLAVE? Может как-то можно переключать две структуры в зависимости от типа команды Modbus?
Нет.

2) Можно ли в функциональном блоке MB_SerialSlave библиотеки OwenCommunication каким-нибудь образом изменять параметр timResponseDelay?
Нет.

3) Можно ли задействовать поле eFuncCode структуры stRequestInfo функционального блока MB_SerialSlave библиотеки OwenCommunication для переключения массивов для чтения и записи информации? То есть создаем два массива (один для чтения, другой для записи) и переключаем pData и szSize функционального блока MB_SerialSlave.
Можно, на уровне костыля. Я бы не рекомендовал использовать этот вариант.