Спасибо, стало понятно куда "копать".

В итоге как победил:
1.Подключаемся по WinSCP к контроллеру.
2.Из папок /mnt/ufs/root/mplc4/CertificateStore/certs и /mnt/ufs/root/mplc4/CtrCertificateStore/certs
удаляем MasterSCADA4D.der.
Из папок /mnt/ufs/root/mplc4/CertificateStore/private и /mnt/ufs/root/mplc4/CtrCertificateStore/private удаляем MasterSCADA4D.pfx.
3.Ребутим контроллер.

В итоге получаем новый сертитификат почти на 5 лет. Если не удалить MasterSCADA4D.pfx, то на его основе генерится старый, истекший сертификат.