Опрос происходит ВНЕ цикла программы. Так понимаю, автор хочет узнать время цикла опроса. Через Конфигурацию наверное никак, если у Конфигуратора нет какой-то системной переменной.
Используя библиотеку Modbus можно в коде сохранять время между командой опроса и ответом о готовности получения ответа.