На каждый проект заводится своя папочка, куда складываются все документы: мануалы итд, потом ТЗ, потом все файлы (проекты, настройки), потом Инструкции по эксплуатации.Может, проще будет хоть файлы конфигурации от них хранить?
Отдельно главный инженер на новую единицу оборудования заводит бумажную папку с бумажной документацией. Если программа позволяет, делаю распечатку программы или настроек (к сожалению не все программы позволяют сохранить проект в бумажном виде).