В Wine еще нету поддержки Codesys 3.5.17.3, немного более ранняя версия там (где-то SP 16 или SP17 Patch 2). Тут остается только виртуалка. Ну или самому писать что-то под обмен между ПЛК и ПК на C/C++ или других языках. Возможно какие-нибудь скады есть