1) В режиме эмуляции в среде возможны торможения, джиттер и т.п.
Для проверки можно использовать CoDeSys SP RTE - ограничение лицензии 1 час вполне позволит поотлаживаться.
2) Вопрос - а почему Вы не использовали SysLibTime и retain переменные?
На этой программе при сбросе питания все данные пропадут
3) На контроллере будет работать вполне прилично за исключением сброса по питанию