плк никогда не создавался как частотомер. при задании цикла плк гарантируется, что вызываться будет не чаще раза в 1 мс.
нельзя использовать прибор на границе его возможностей.
0,8% - вполне себе погрешность установки периода цикла, т.к. никто не гнался за прецизионной точностью.