Ну после отключения базовых цепей путем снятия 200омных последовательных сопротивлений глюк исчез.

С одной стороны это очень радует, т.к. исключает самое страшное - пробой защитных диодов внутри atmegи. С другой стороны это явно подтверждает то, что LL4148 не годятся для гашения на себе токов, возникающих из-за эдс самоиндукции после отключения катушки от общего провода схемы. Тут как бы не в обратном напряжении дело, а в размере полупроводниковых кристаллов внутри диода и типе его внутренней конструкции. Тут скорее вопрос в токе, который может пропустить через себя диод при приложении к нему кратковременного импульса прямого напряжения в 100 вольт и более. Так что говорить о том, что 4148 (и подобные им) диоды годятся для использования в качестве громоотвода - глупость полная.