А это вообще нормальная ситуация? Я думаю много кто термосопротивления подключает, по идее все должны были столкнуться с таким.

Надо именно входы как-то отключать, т.к. программой сразу начинают контролироваться значения аналоговых входов PT100 и в зависимости от показаний система переходит в то или иное состояние (автомат Мили).